La construction ne fut achevée qu’en 1535, date de l’ouverture de la 2ème porte devenue entrée principale. Le nom de l’architecte, Tadeus Niger, est gravé sur un bloc au dessus de la porte latérale. La porte principale est surmontée d’une statue de Sainte Marie-Madeleine en terre cuite (1638).
En bas de l’escalier à gauche se trouve un magnifique retable « La Vierge au rosaire », du début du XVIème siècle, attribué à Louis BREA (1450-1523), chef de file de l’école dite des « Primitifs Niçois ». Peint entre 1500 et 1510, ce retable représente une Vierge de Miséricorde ouvrant les pans de son manteau pour protéger l’humanité, principalement de la peste. La Vierge porte l’Enfant Jésus sur le bras gauche et tous deux tiennent un rosaire dans leur main. Sous le manteau protecteur, à la droite de la Vierge, se tiennent les gens d’église, du Pape au plus humbles religieux, et à sa gauche se tiennent les laïcs, de l’Empereur aux simples gens. Tout autour du cadre gothique en bois doré, des Saints sont représentés (St Jean-Baptiste, St Etienne, St Pierre, St Barthélémy, St Julien, patron du village, Ste Madeleine, à qui l’église a été consacrée). De belles sculptures en bois doré encadrent les autels de Sainte Madeleine et de Notre Dame des Sept Douleurs.
Un fragment d’inscription romaine est imbriqué dans le mur à gauche de l’autel. C’est grâce à une stèle romaine retrouvée en 1932, exposée au Musée de Biot, que l’on émet une hypothèse plausible de l’origine du nom de Biot. Il pourrait provenir du nom d’une divinité celte, le Dieu Bugio. De nombreux restes de cette époque sont visibles à Biot, comme le monument de la Chèvre d’Or.
Devant l’église et sur une grande partie de la place des Arcades, c’est la technique particulière de la calade qui a été mise en œuvre. Le mot « calade », qui désigne aussi une ruelle très en pente, est d’origine provençale et signifie "caillou". Il sert à nommer cette mosaïque primitive formée de galets plats posés sur la tranche, un procédé qui serait originaire d’Italie. Prélevés sur la plage toute proche, les galets étaient soigneusement choisis par ordre de taille et en fonction de l’effet de couleur recherché, du gris au rouge, en passant par toutes les nuances intermédiaires.
Sur le parvis de l’église, le pavage est fait de galets polychromes dessinant deux croix de Malte, la date de 1685 et une belle rosace avec une fleur de lys. La croix de Malte, figurant dans les armes de Biot, est liée à l’ordre hospitalier de Saint-Jean de Jérusalem dont elle était l’emblème. Les Hospitaliers de Saint-Jean de Jérusalem, devenus en 1530 Chevaliers de Malte, sont co-seigneurs de Biot et partagent leurs droits avec l'évêque de Grasse jusqu'à la révolution. De 1995 à 1998, l'église a fait l'objet d'un restauration complète de la toiture et de ses façades.
